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首次感染病毒，称为初发性生殖器疱疹，一般从接触到发病约3-5天。患病部位先有烧灼感，很快发生红斑，继而在红斑的基础上发生3-10个成群的红色丘疹，继续感到烧灼和发痒。丘疹很快变成小水疱，并逐渐成为脓性，破溃后形成糜烂或浅溃疡，自觉疼痛。男性好发生于龟头、冠状沟、尿道口及阴茎体，可并发尿道炎、膀胱炎或前列腺炎。女性多见于阴唇、阴阜、阴蒂、肛周或阴道，约90%的病人病毒会同时侵犯子宫颈，由于阴道分泌物增加或下腹痛，并可并发宫颈炎及子宫炎。大多数患者双侧腹股沟淋巴结肿大。后期炎症可播及尿道、膀胱时，会出现排尿痛、尿频、尿急等症状。此外还有其他症状，如发热、全身不适、肌肉痛、脑膜炎等。
生殖器疱疹女性病人比男性病人多，症状也更严重。病变严重阶段能持续6-7天。以后逐渐缓解，3-6周完全恢复。有免疫缺陷、应用免疫抑制剂、肾移植、严重烧伤，重度营养不良或恶性肿瘤等病人，感染生殖器疱疹后症状严重，可出现疱疹性湿疹或播散性单纯疱疹，可发生病毒血症，引起肝炎、脑炎、胃肠炎和肾上腺功能障碍等而死亡。
约60%的患者在第一次患生殖器疱疹后一年内复发，称为复发性生殖器疱疹。一般第一年复发的频率高，可达4-6次，以后逐渐减少。一般约在痊愈后1-4周内复发。发热、月经来潮、性交、情绪波动、消化不良或气候变化等均为促使复发的因素。
复发一般都在原处。但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻。淋巴结不肿大，很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈及阴茎、龟头等部位。尿道发病较少见。
由于复发性生殖器疱疹反复发作，病人因害怕疼痛，担心传染给性伴以及无特效药治疗而产生严重焦虑而出现变态心理，导致性功能障碍，甚至忧郁症。在免疫抑制状态，祥见前述，可出现疱疹性湿疹、复发性角膜溃疡，甚至全身泛发性疱疹而死亡。
II型疱疹是仅次于淋秋菌引起男性同性恋者患肛门直肠炎的病因。临床表现为肛门直肠疼痛，其程度较其他类型的直肠感染都严重。此外，还可发生便秘、直肠分泌物、里急后重和发热等。部分病人有肛周水疱或溃疡。直肠分泌物涂片检查可见较多多形白细胞，乙状结肠镜检常见下段结肠粘膜充血和易出血，偶见小溃疡。
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